某日，奇怪现象追踪网站SSP【怪异现象搜索小组】的成员收到了神秘的设备。那是艾克斯奥特曼寄宿的变身道具艾克斯闪光。由于敌人的圈套与Xio【吉奥】队员 大空大地（高橋健介）融合解除的艾克斯奥特曼，委托SSP【怪异现象搜索小组】，和从流浪之旅归来的红 凯（石黒英雄），寻找失踪的大地。然而，这不过是降临地球的新危机的前兆。
在宇宙中拥有最邪恶之心的人身边巡游，使持有者的能力增加的黑暗之环。得到它的，是热爱美，把美丽的东西变成宝石收藏的邪恶的宇宙魔女贼 姆鲁娜乌（椿鬼奴）。姆鲁娜乌，已经把银河和维克特利变成宝石，作为新的目标打算把地球宝石化加入收藏。在这背后有一个企图做什么事的伽古拉斯 伽古拉（青柳尊哉）在暗中活动。在姆鲁娜乌率领的极恶宇宙人军团面前，就连艾克斯也被变成了宝石！
究竟欧布奥特曼，能不能救出新生代（NEW GENERATION）英雄们，打倒姆鲁娜乌――
相信同伴的炽热之心，唤起新的“羁绊之力”！
赌上地球的未来史上最大的决战终于开始！